A Escola Básica Francisco de Arruda foi fundada no início da década de 50. Ficou localizada, provisoriamente, num edifício da Freguesia de Alcântara e dependia administrativamente da Escola Técnica Industrial Marquês de Pombal.
Na altura, com o nome de Escola Técnica Elementar Francisco de Arruda, destinava-se ao ensino inicial de jovens do sexo masculino, que pretendiam prosseguir os seus estudos nas áreas Comercial ou Industrial. Em 1956, foi nomeado o Dr. Manuel Maria Calvet de Magalhães como seu primeiro director.

     Ao longo do tempo o nome da escola sofreu alterações. Aquando da Reforma Veiga Simão, em 1968, passou a designar-se Escola Preparatória Francisco de Arruda. Em 1988 foi alterado para Escola C+S Francisco de Arruda. Actualmente, tem o nome de 
Escola Básica 2,3 Francisco de Arruda.